Seu problema é muito aberto à interpretação e pode ter várias soluções diferentes. Mina:
digamos que você tenha pastas como esta:
mainGameFolder1\
mainGameFolder1\hak\
mainGameFolder1\modules\
mainGameFolder1\tlk\
modsFolder2\
modsFolder2\mod1\
modsFolder2\mod1\hak\
modsFolder2\mod1\hak\file1.hak
modsFolder2\mod1\hak\file2.hak
...
modsFolder2\mod1\hak\file1000.hak
modsFolder2\mod1\modules\
modsFolder2\mod1\modules\file1.hak
modsFolder2\mod1\modules\file2.hak
...
modsFolder2\mod1\modules\file1000.hak
modsFolder2\mod1\tlk\
modsFolder2\mod1\tlk\file1.hak
modsFolder2\mod1\tlk\file2.hak
...
modsFolder2\mod1\tlk\file1000.hak
modsFolder2\mod2\
...
Você pode copiar arquivos automaticamente usando cmd (prompt da linha de comando) (start - > digite "cmd.exe" ou apenas "cmd", pres enter. Além disso, veja o link: link Você pode usar a cópia de comando para copiar um (ou mais) arquivos para determinada pasta: copiar MyFile myFolder mais especificamente:
C:\ copy modsFolder2\mod1\hak\file1.hak mainGameFolder1\hak\
ou mais arquivos de algum padrão usando * (estrela):
C:\ copy modsFolder2\mod1\hak\file*.hak mainGameFolder1\hak\
isto irá criar 1000 novos arquivos:
mainGameFolder1\hak\file1.hak
mainGameFolder1\hak\file2.hak
...
mainGameFolder1\hak\file1000.hak
Então, o que eu faria primeiro? Eu iria renomear todos os arquivos em todos os mods personalizados para alguns nomes especiais, então eles seriam separados dos outros. Por exemplo file1.hak, file2.hak, ... file1000.hak. Por que isso seria bom? Porque você pode removê-los todos quando você remove o mod:
C:\ del mainGameFolder1\hak\file*.hak
E isso só removeria arquivos com padrão file.hak.
Para automatizar completamente esse processo, você pode escrever comandos nos arquivos copying.bat e remove.bat: copying.bat:
C:\ copy modsFolder2\mod1\hak\file*.hak mainGameFolder1\hak\
C:\ copy modsFolder2\mod1\modules\file*.hak mainGameFolder1\modules\
C:\ copy modsFolder2\mod1\tlk\file*.hak mainGameFolder1\tlk\
copying.bat:
C:\ del modsFolder2\mod1\hak\file*.hak
C:\ del modsFolder2\mod1\modules\file*.hak
C:\ del modsFolder2\mod1\tlk\file*.hak
Você pode criar arquivos com o programa notepad. Tenha o cuidado de separar linhas com nova linha. Em seguida, certifique-se de salvar como um arquivo .bat. Você pode então executar o arquivo .bat com cmd.
Você também pode fazer o mesmo com qualquer outra linguagem de programação, por exemplo, python, C, java, ...