Se você olhar a documentação oficial para o formato de registro, verá que o sinalizador %v ou %V pode ser o que você está interessado, já que lhe daria o nome de servidor canônico que está configurado. Portanto, seria o ServerName configurado no bloco que finalmente respondeu à solicitação.
Como a linha LogFormat que você forneceu já contém esse identificador, é provável que exista mais de uma configuração que defina o formato de log e as linhas de log que não contêm o host sejam baseadas nesse formato diferente. Seu formato deve fazer com que você sempre insira linhas formatadas como seu segundo exemplo.
O que ainda pode ser um problema é que você configurou domínios curinga e não conseguirá ver quais solicitações FQDN completas eram. Uma pergunta intitulada Usando% v no Apache A definição do LogFormat que corresponde ao ServerName em vez do vhost específico solicitado sugeriria que você poderia usar o identificador %{Host} para obter a "perspectiva do cliente", portanto, a parte do host do cabeçalho da solicitação.
Para encontrar todos os arquivos de configuração que contenham uma linha LogFormat , você pode dar uma olhada em outra pergunta como a seguinte: Como encontrar todos os arquivos contendo texto específico no Linux?