O VLC tem um problema ao reproduzir vídeos de baixa taxa de quadros. Use
ffmpeg -framerate 1 -i NR_1_%05d.png -r 10 -c:v libx264 -crf 15 -pix_fmt yuv420p out.mp4.
As imagens continuarão em 1 Hz, mas haverá 9 quadros duplicados por segundo. O x264 é eficiente na codificação de quadros duplicados, de modo que o tamanho não aumentará 10 vezes.