shred pretendia substituir os arquivos. Eu não estou convencido de que você poderia realmente sobrescrever cada bloco do seu disco.
O que você não usa DBAN ? O DBAN é gratuito e se destina a sobrescrever todo o disco, independentemente do sistema de arquivos.
Se o seu disco for um SSD, você deve saber que é difícil excluir com segurança todo o conteúdo. Aqui está uma artigo mais velho que começa explicando o porquê.
Ah, e se você preferir ficar com as ferramentas de linha de comando do Unix, dd poderia realizar o que você está procurando. Por exemplo:
dd if=/dev/zero of=/dev/sdb