Para o caso simples:
Se a sua conexão VPN definir a rota padrão do seu sistema para a VPN, o tráfego da Internet ainda deverá ser capaz de acessar o endereço IP público do servidor, mas o sistema enviará as respostas por meio da VPN.
Se a sua conexão VPN for muito seletiva em relação ao tráfego que é enviado a ela, digamos, apenas net 10, net 192.168.0.0/16 e 172.16.0.0/12, ou um bloco específico de propriedade do provedor de VPN, deixando a conexão rota padrão inalterada, então seu servidor web deve funcionar normalmente.