Isso é possível (mas sem dúvida não desejável).
A primeira maneira de fazer isso seria implantar um proxy reverso em seu bean de beans AWS para extrair algum conteúdo do site da Godaddy - dessa forma, tudo iria para o endereço IP único e seria intermediado por proxy, para que você pudesse usar um único certificado SSL.
Outra maneira seria aproveitar o modo como a maioria dos Certs SSL são assinados para o domínio base e o domínio www, portanto, supondo que seu site fosse chamado example.com, você poderia vincular o www.domain.com ao AWS beanstalk e domain.com para o site da Godaddy. Isso pode causar alguma confusão aos usuários.
Algumas coisas técnicas que podem ajudar você a entender o que você pode ou não fazer -
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Um certificado é associado a um nome de domínio (ou a vários domínios nomes), não um endereço IP.
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O nome do domínio é geralmente especificado no campo "Common Name" / CN do certificado ou, em alguns casos, o SAN (campo de nome alternativo de assunto)