A pesquisa para ajustar arquivos .desktop e removê-los pode ajudar.
Nesse caso, a remoção do problema fixo /usr/local/share/applications/Atom.desktop.
Solução encontrada no link
Existe uma entrada inválida deixada pelo editor do Atom (os autores não conseguiram fornecer um unistaller). As entradas não são removíveis usando menulibre - elas não são listadas, mas as entradas fantasmas permanecem nos menus.
A pesquisa para ajustar arquivos .desktop e removê-los pode ajudar.
Nesse caso, a remoção do problema fixo /usr/local/share/applications/Atom.desktop.
Solução encontrada no link