Em teoria, o que você está sugerindo deve funcionar, mas eu não gostaria de experimentar em dados que não fiz backup. Se você não tem tempo / largura de banda para carregar tudo primeiro, a única resposta real é obter outro disco rígido. Eles podem ser encontrados por um preço bem baixo - ou você poderia pegar emprestado um de um amigo? Além disso, eu recomendaria um dock HDD externo USB / eSata para esses tipos de coisas. Muito melhor do que abrir o seu PC sempre que quiser trocar um disco.
Outra coisa a considerar seria um serviço de backup que envia um disco rígido para copiar seus dados para a primeira execução, em vez de carregá-lo. Isso pode ser mais barato do que comprar uma unidade e mais rápido do que fazer o upload de tudo.
[Editado para adicionar] Em termos de risco; Eu acho que nunca perdi dados graças ao GParted, mas eu sempre me certificaria de ter um backup primeiro para o caso. Em sua própria situação, depende de quão insubstituíveis esses arquivos são (fotos de família, dissertação de doutorado) você quer arriscar até mesmo a menor chance de perdê-los?