O comando service é um wrapper usado para executar scripts em /etc/init.d. Se você escreveu um daemon e deseja usar o comando service, será necessário criar um script que aceite iniciar, parar e reiniciar argumentos para gerenciar seu daemon e, em seguida, coloque-o em /etc/init.d. Sua capacidade de iniciar, parar e reiniciar seria definida dentro desse script.
No entanto, com base na sua pergunta, parece que você não tem acesso root à máquina em questão. Nesse caso, você não usaria o comando service . Em vez disso, você pode escrever seu próprio wrapper para fazer isso, ou apenas executá-lo diretamente a partir da linha de comando.
Para responder à sua pergunta sobre como executar a nova versão, primeiro você precisa interromper a que está em execução. Enquanto estiver sendo executado em sua conta, você poderá eliminá-lo sem exigir acesso root. A maneira mais fácil de eliminar um processo em execução pelo nome é com o comando pkill :
pkill -x mydaemon
Uma vez desativado, apenas reinicie seu daemon normalmente. Se você quiser colocar isso em um script, você pode colocá-lo em seu diretório ~ / bin, ou em qualquer outro local que você normalmente usa para armazenar scripts e binários. Seu script pode ser tão simples assim:
#!/bin/bash
pidof mydaemon >/dev/null && pkill -x mydaemon
/home/wasabi/bin/mydaemon