O seguinte plist (Source) precisa ser editado. Eu sugiro "duplicar" o arquivo primeiro, então você terá um backup, se necessário.
~/Library/Preferences/com.apple.LaunchServices/com.apple.launchservices.secure.plist
Se você tem o Xcode, você pode simplesmente abrir / editar o plist diretamente (não no escopo desta resposta), mas se não, ele precisa ser convertido do formato binário para o formato XML já que o texted não pode abrir o arquivo é.
Para convertê-lo em XML, use o seguinte comando (Origem) no terminal.
plutil -convert xml1 /Users/$USER/Library/Preferences/com.apple.LaunchServices/com.apple.launchservices.secure.plist
Abra o arquivo e pesquise (CMD + F) por skype
ou <string>tel</string>
Exclua a estrutura a seguir ou edite-a, comentando-a usando <--!
e -->
na parte superior e inferior do <dict>
(Origem)
Antes:
<dict>
<key>LSHandlerPreferredVersions</key>
<dict>
<key>LSHandlerRoleAll</key>
<string>-</string>
</dict>
<key>LSHandlerRoleAll</key>
<string>com.microsoft.skypeforbusiness</string>
<key>LSHandlerURLScheme</key>
<string>tel</string>
</dict>
Depois:
<!--
<dict>
<key>LSHandlerPreferredVersions</key>
<dict>
<key>LSHandlerRoleAll</key>
<string>-</string>
</dict>
<key>LSHandlerRoleAll</key>
<string>com.microsoft.skypeforbusiness</string>
<key>LSHandlerURLScheme</key>
<string>tel</string>
</dict>
-->
Salve o arquivo e reinicie.