A questão era que algumas das minhas regras eram baseadas no remetente. Eu pensei que especificar FROM <an alias>
filtraria apenas as regras que literalmente vinham desse alias. Na verdade, a regra move qualquer email de qualquer pessoa que seja um membro do alias. Este link tem mais alguma informação, agora que eu sabia o que procurar.
(Lembre-se, ainda não sei por que um acionador manual das mesmas regras não fez com que eles se movessem pela segunda vez.)