Após uma investigação mais aprofundada, parece que não ter a caixa de seleção "mostrar todas as janelas na barra de tarefas" marcada nas configurações causaria o seu problema.
Eu sei que perguntas semelhantes a esta foram feitas antes, mas não esta.
Eu não quero janelas separadas, apenas ícones separados da barra de tarefas que eu posso percorrer com Alt + Tab , e definitivamente não instâncias separadas (porque nesse caso eu não conseguir copiar e colar corretamente entre eles).
Eu preciso ter as diferentes pastas de trabalho do Excel como ícones diferentes na barra de tarefas e no menu Alt + Tab . Eu sei que é possível (eu costumava ter dessa forma), mas agora isso mudou e eu não sei por quê.