Seu palpite está certo. Contas de usuário têm um "identificador de segurança" ("SID") que se parece com S seguido por hífens e números. Configurações de propriedade de arquivo tendem a usar esses SIDs. Em seguida, quando o Windows encontrar o SID, o Windows procurará qual conta de usuário está associada a esse SID e exibirá a conta de usuário.
É provável que instalações diferentes do Windows tenham identificadores exclusivos, portanto você terá um SID diferente. Quando o Windows encontra o SID antigo e não consegue encontrar uma conta de usuário associada, o Windows não sabe o que fazer, exceto apenas mostrar o que sabe. Então, você vê o SID.
Se você nunca inicializar a instalação antiga do Windows novamente, o SID antigo não será bom, e ter um arquivo pertencente a esse SID antigo também não é bom. Você está convidado a ignorar os antigos SIDs. Eu me sentiria livre para tomar posse dessas coisas, especialmente se você é o único que usa o computador. A única maneira que eu esperaria que poderia causar problemas é se você fizer isso em um dos diretórios usados pela versão atual do Microsoft Windows. (Algumas coisas podem ser mais adequadas para serem de propriedade de uma conta SYSTEM ou algo parecido.) Mas se você estiver invadindo um cemitério que não é usado por nenhuma instalação atual do Microsoft Windows, eu diria que vá em frente.