Parece que você está simplesmente encontrando as regras internas do Word para o estilo IEEE, de acordo com as quais a bibliografia (ou, mais precisamente, a lista 'Referências') deve ser organizada na ordem da citação. Corretamente falando, se você não quer que seja organizado dessa maneira, você deve selecionar um estilo diferente do IEEE, mesmo que isso signifique perder os colchetes que você gosta.
Ainda assim, se você quiser criar sua própria versão não padrão do estilo IEEE, acho que sua única opção é a que você já está usando: aguarde até que o documento seja concluído, atualize a bibliografia uma última vez e, em seguida organizar manualmente as entradas. Então, se você atualizar o documento e adicionar outras fontes, terá que fazer isso novamente. Ao contrário, digamos, dos campos TOC, os campos BIBLIOGRAPHY (e CITATION) nem sequer possuem opções / switches que possam ser configurados manualmente; então, obviamente, o Word considera o formato para isso ser corrigido.