E algo assim?
mysql -e "show tables from abcd" -u root --password=1234 > tables.txt
FOR /F %%A IN (tables.txt) DO ( mysqldump -u root --password=1234 --routines --databases %%A > S:\Backup\MySQL\%%A.sql )
Eu não uso mais o windows, isso no Linux seria muito mais fácil. o / F lê o arquivo linha por linha, então você teria que fazer algumas modificações e voltar.