Não há muita diferença entre um NAS personalizado e um comercial. Ambos costumam usar BSD ou Linux para o sistema operacional. Obviamente, os comerciais são mais simplificados e mais fáceis de usar para o NAS, mas os builds personalizados são igualmente capazes. Você está limitado ao número de slots disponíveis em um NAS comercial, a menos que ele suporte o gerenciamento de outros NASs. Um PC / servidor pode conter mais discos rígidos. Existem numerosas pequenas diferenças, todas menores.
No final, tudo se resume ao suporte. Se o seu NAS tiver um problema, haverá uma equipe dedicada tentando ajudá-lo. Se o seu NAS personalizado tiver problemas, você terá que resolver todos os problemas sozinho ou lidar com vários fornecedores.