O comando abaixo redimensiona o vídeo superior para corresponder ao vídeo base e também lhe dá transparência.
ffmpeg -y -i /sdcard/videokit/two.mp4 -i /sdcard/videokit/inone.mp4 -filter_complex "[1:v][0:v]scale2ref[ua][b];[ua]setsar=1,format=yuva444p,colorchannelmixer=aa=0.5[u];[b][u]overlay=eof_action=pass[v] -map [v] /sdcard/videokit/output.mp4
O scale2ref
redimensiona o segundo vídeo para corresponder às dimensões do primeiro. Então o misturador de canal de cor ajusta o canal alfa para dar 50% de transparência.