Para várias condições, você pode usar, e. array e loop para verificar todos eles:
Dim Exceptions(10) as String
Dim Exception as Boolean
Exception(0)= appDataLocation & "\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Access 2013"
Exception(1)=...
...
Exception(9)=...
...
For Each sf in MyFolder.SubFolders
Exception = False
For i = LBound(Exceptions) to UBound(Exceptions)
If lCase(sf.Path) = lCase(Exceptions(i)) Then
Exception = True
Exit For
End If
Next i
If Not Exception Then
deleteSubFolders sf, exclFolder
sf.Delete
End If
Next sf
(eu sou mais experiente com o VBA e também não pude testá-lo, então ele pode não funcionar sem pequenas correções, apenas digitei para explicar minha idéia)