Sim, na data 2016-09-09 14:36:21.269384800 A parte / número .269384800 está se referindo a nanossegundos.
Como DavidPostill menciona em seu comentário, começando no kernel 2.5.48 , a estrutura stat suporta resolução de nanossegundos para os três campos de registro de data e hora do arquivo. Você pode ler os detalhes completos da página man aqui: link