A execução do seu arquivo em lotes no login não deve ser um problema. Coloque-o em seu AutoRun / StartUp para o seu usuário ou use uma tarefa do Windows para executá-lo.
Para criar uma tarefa, procure o Task Scheduler , crie uma nova tarefa e como Action selecione At log on .
Para sua outra solicitação para fazer login automaticamente de um usuário, não acho que seja possível, exceto logo após a inicialização. Ele derrotaria todo o propósito de ter contas de usuários separadas e você teria que armazenar sua senha com essa tarefa / script possivelmente de uma forma legível ou você teria que digitar a senha.
Se a sua máquina estiver executando um sistema de operação do Windows Client, você provavelmente está sem sorte, pois eles suportam apenas um usuário simultâneo, tanto quanto eu sei (exceto o Vista Ultimate ou algo assim?). Com o Windows Server, você geralmente pode ter vários usuários conectados ao mesmo tempo (pelo menos dois), desde que não haja mais usuários se conectando e ninguém chute sua conexão, suas tarefas continuariam sendo executadas.
Outra opção seria limitar os usuários que realmente podem usar a máquina. Você pode configurar os usuários que podem usar o RDP por meio de uma caixa de diálogo no seu Advanced System Properties na guia Remote . Os administradores ainda podem efetuar o logon remotamente para evitar que essa verificação desta questão .
O melhor curso de ação provavelmente ainda seria executar sua tarefa não como seu próprio usuário, mas como um usuário do serviço em segundo plano.