Parece que o seu script fail2ban está usando um número de regra muito alto. O ipfw avalia as regras em ordem numérica, e o primeiro que se aplica a um dado pacote determina o que é feito com ele. Isso significa que as regras de números mais baixos têm maior prioridade. Como as regras "negar" do fail2ban estão sendo adicionadas com o número 12345, mas as regras de "permissão" configuradas pelo Servidor Administrativo começam em 12302, pelo menos algumas das regras de permissão estão substituindo as regras de negação do fail2ban.
Correção simples: encontre onde o número da regra está definido no seu script fail2ban e diminua para algo como 12200.
BTW, o fato de que as regras do fail2ban não estão sendo adicionadas aos arquivos de configuração é normal e provavelmente bom. Esses arquivos são usados quando o firewall é recarregado (por exemplo, quando você reinicializa), mas não refletem necessariamente o estado do firewall "ativo". Se você quisesse, poderia editar o script fail2ban para adicionar suas regras a esses arquivos, além de defini-los no estado ativo, mas isso significa que o conjunto de regras se tornaria arbitrariamente grande ao longo do tempo. IMO, a única vez que você deve se preocupar com essas proibições "permanentes" é se você continuar vendo abusos dos mesmos IPs repetidas vezes por um longo período de tempo ... mas eu esperaria que isso fosse raro.