Quando você definir este atalho no AutoHotKey, é suposto substituir o comportamento padrão. A tecla Win + D também é uma tecla de atalho do Windows.
Você pode testar isso removendo a linha Send
e ver se a chave Win + D não faz nada em outros aplicativos.
No entanto, o PyCharm pode ter seu próprio sistema de gancho e possui uma configuração de atalho Win + D para replicar a função quando o editor estiver ativo. Isso é o que provavelmente está causando o problema porque está capturando as chaves antes de alcançar o AutoHotKey.
O PyCharm tem instruções sobre como verificar e configurar os seus mapas de teclado .