O problema é que eles não são armazenados como camadas separadas no PNG. É apenas um bitmap rasterizado, onde cada pixel tem um valor RGBA, ignorando qualquer contexto.
Embora possa haver transparência "verdadeira" em sua imagem (como valores alfa por pixel), o que PNG suporta, parece que não é isso que você quer dizer. O alfa verdadeiro em PNG significa apenas que você pode ver o que está abaixo de qualquer pixel com um valor Alfa de < 100% (por exemplo, pixels abaixo em um programa sensível a camadas como o Photoshop ou, por exemplo, um plano de fundo de página da Web abaixo de ícones PNG transparência).
Em outras palavras, "transparência" não tem sentido no contexto do que você está descrevendo, que obviamente era pelo menos duas camadas originalmente. Os pixels "semitransparentes" que você está descrevendo não são transparentes. Eles têm valores RGB muito específicos. É que, quando visto como um todo, como qualquer arquivo de imagem, o arranjo de cores produz uma ilusão visual no cérebro, digamos, de letras semitransparentes.
Mas nem tudo pode ser perdido. Se é uma imagem simples, com apenas algumas cores únicas e sem tons contínuos, e não muito grandes - você pode pintar sobre os pixels "transparentes", com qualquer cor exata que as partes não transparentes são ou deveriam ser.
Mas se for muito complexo, muitas cores e / ou com tons contínuos, talvez seja melhor recriá-lo.
Eu sinto sua dor, eu fiz coisas parecidas muitas vezes. Eu aprendi a manter sempre os PSDs originais, não importa o quão trivial pareça: -).