Deixa pra lá, só notei que eu ainda estava no grupo beta público, e havia outra atualização para a versão 10.12.1 beta, e depois de instalar esta atualização meu problema foi corrigido.
Eu li Como pular palavras no terminal OS X? e enquanto esc + b e f trabalho, opção → e ← produzirá estes [D e [C
irritantes Eu tenho Use Option as Meta key marcado e ⌥← está definido como \ 033b e \ 033f para a seta para a direita.
No macOS Sierra, isso sempre funcionava, mas parece que logo depois de atualizar para o Sierra que isso aconteceu, não sei se está relacionado, já que meu outro computador também funciona bem na Sierra.