O mau funcionamento do hardware sempre acontece em uma parte da memória (ou no caso de um disco, área de superfície). Melhor caso, isso é em uma porção não utilizada do material. Na pior das hipóteses, isso acontece no meio da área com informações de partição e todo o seu 'disco' está inacessível.
No seu caso, o dano parece ter estado na parte do sistema de arquivos que descreve o conteúdo dessa pasta (isto é, contendo ponteiros para os locais físicos das partes do arquivo).