Você colocaria o registro MX no servidor CloudFlare DNS, porque, como você declarou, é o servidor DNS autoritativo, o que significa que é o servidor DNS que será consultado para os registros DNS corretos. Você pode colocar o registro MX nos servidores DNS do Google para redundância. IE, no caso de servidores DNS CloudFlare estão tendo um problema ou alguém por qualquer motivo tem um problema de roteamento para esses servidores DNS, os servidores de DNS do Google podem pegá-lo e ainda apontar para o local apropriado.
A única coisa a garantir é que, em ambos os servidores DNS, tudo coincida, caso contrário, você poderá ter alguns problemas com o DNS sendo resolvido para locais errados, etc.
Para adicionar, você pode ter mais de um servidor DNS autoritativo atribuído a um domínio, que é diferente de um servidor DNS recursivo. Nesse caso, o primeiro servidor DNS autoritativo atribuído ao servidor DNS é consultado primeiro, depois o segundo e assim por diante. Os servidores de DNS recursivos são usados para ajudar aqueles que tentam se conectar a um domínio no lugar certo e, se não tiverem os registros armazenados em cache, entrarão em contato com os servidores DNS autoritativos para esses registros.