Você pode fazer isso facilmente com o gráfico de dispersão:
- Selecione seu primeiro conjunto de dados (ambos os valores x e y)
- navegue até inserir - gráficos - XY (Dispersão)
(isso pode ser um pouco diferente dependendo da sua versão do Excel) - insira o gráfico
- clique com o botão direito no gráfico - selecione dados - adicione novas séries
- selecione aqui dados para eixo horizontal e vertical do segundo conjunto de dados