Qualquer software que utilize as variáveis de ambiente a que você está se referindo, pare ou pause sua função.
Basta copiar e colar os dados em sua nova unidade. Isso pode ser feito no Gerenciador de Arquivos com simples copiar e colar, ou outros aplicativos da GUI, como FastCopy ou opções de linha de comando com Robocopy.
O benefício do uso do Robocopy ou do FastCopy é que você pode continuar se o processo de cópia for encerrado ou esvaziado no meio do caminho, pois esses utilitários só poderão copiar as diferenças - isso pode ser útil se for uma transferência grande. Outros benefícios também podem ser a velocidade, já que experimentei o Robocopy ser tremendamente mais rápido ao copiar muitos arquivos pequenos com a opção '/ MT' ativada configurada em um valor alto, mas isso depende das capacidades de disco / i no seu cenário.
Desde que o software que usa as variáveis ambientais não modifique constantemente os dados durante a cópia, isso deve ser uma experiência indolor e não importa se você altera a letra e a cópia da unidade ou vice-versa.