Sim, os serviços por definição são executados independentemente de quaisquer logons interativos ("em segundo plano", por assim dizer). O "Service Manager" no Windows cuida da configuração de um token e do início do programa em sua conta dedicada.
Serviços personalizados podem ser criados desde que implementem as APIs necessárias:
- Introdução aos aplicativos de serviço do Windows para .NET 4.6
- Para comparação, módulo PyWin32 'servicemanager'
- Por RegisterServiceCtrlHandler Função da API do Win32