O problema atual está resolvido, obrigado Mulvya para o objetivo.
Exemplo de uso básico:
ffmpeg -v verbose -re -y -i master_video.mov -i pip_video.mov \
-filter_complex "[1]scale=iw/2:ih/2 [pip]; [pip] zmq,[0]overlay=x=0:y=0" \
-f mpegts -codec:v libx264 -preset ultrafast result.mp4
Use os próximos comandos para coordenadas de mudança:
echo Parsed_overlay_2 x 200 | zmqsend
echo Parsed_overlay_2 y 200 | zmqsend