Se você vai usar o sudo com aplicações gráficas, como nautilus, então você deve usar o gksudo. Eu não tenho representante suficiente para comentar, mas isso é importante porque é um risco de segurança rodar programas gráficos com o sudo normal, então pensei em mencionar isso. Uma abordagem melhor seria abrir um terminal e navegar até o ponto de montagem, provavelmente em algum lugar como /media/$user/device , e executar ls -l para descobrir as permissões.
Em relação à pergunta original, que tipo de sistema de arquivos é o drive externo formatado? Você pode descobrir executando como root fdisk -l Eu tive esse problema antes com uma partição VFAT. Mesmo quando logado como root, não consegui gravar na partição. Às vezes isso pode ser causado por corrupção no disco ou partição, é muito frustrante.
Ainda estou procurando uma resposta para o VFAT sem problema de acesso de gravação.