A prioridade de inicialização no Windows é a seguinte, listada do primeiro para o último para o início:
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Runonce HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Policies \ Explorer \ Run HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run Windows \ CurrentVersion \ Windows \ Run HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ RunOnce SystemDrive \ Documents and Settings \ Todos os Usuários \ Menu Iniciar \ Programas \ Inicialização SystemDrive \ Documents and Settings \ nome_do_usuário \ Menu Iniciar \ Programas \ Inicialização
Os dois últimos itens estão relacionados aos dias do Windows XP. Relacionados com: % PROGRAMDATA% \ Microsoft \ Windows \ Menu Iniciar \ Programas \ Inicialização
E sim, para responder à sua pergunta, o Windows Vista, 7, 8 e 10 usam a mesma pasta de inicialização.
Então, se você quer que seu programa seja executado primeiro, use sempre: HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run Caso contrário, a pasta de inicialização será carregada após todo o restante ser carregado.