Infelizmente, o EFS funciona no nível do arquivo e não no nível da pasta. O conteúdo das pastas permanecerá legível mesmo após a criptografia, somente o conteúdo do arquivo será criptografado.
Como você não pode criptografar a unidade inteira, a única opção é usar algum outro produto para manipular a criptografia para ocultar também os nomes de arquivos e outros metadados.
A coloração faltante das pastas pode ser devido a configurações, pode não ter sido ativada.