Como não uso patógeno, não sei se você pode modificar seu comportamento, mas eu diria que você pode. Verifique sua documentação.
Como alternativa, você pode possivelmente substituir o patógeno e outros plugins - supondo que eles não estejam configurando opções em eventos do autocmd - colocando suas configurações em algo como ~/.vim/after/plugin/overrides.vim
.
Veja:
:help 'runtimepath'
Especificamente, preste atenção a esta seção da entrada de ajuda:
:help after-directory