Você tem recursos finitos. Quando um ou mais desses são usados, os aplicativos que precisam deles terão que esperar e isso é visto como um computador lento.
Na maioria das vezes isso é causado por CPU, memória ou disco.
Para descobrir qual recurso é superutilizado e o que está sendo feito, use o Monitor de Recursos do Windows, que, desde o lançamento no Windows 7, tornou muito fácil solucionar problemas de desempenho no Windows.
Quanto a como usá-lo, aqui estão alguns resultados do google para você ir ...
A fragmentação BTW raramente é um problema hoje em dia, já que as unidades são muito grandes. Só se torna um problema se você encher o disco e não houver espaço livre contínuo grande para salvar os dados. Se você estiver trabalhando com arquivos grandes e seu disco estiver quase cheio, talvez isso seja um problema, mas provavelmente não.