Provavelmente não está listado no arquivo BCD, pois o antigo foi excluído e o novo contém apenas a nova instalação.
Eu uso uma ferramenta chamada Visual BCD para editar meus arquivos BCD.
Dê uma olhada aqui em um tutorial e mais algumas informações:
Como usar o BCDEdit em instalações de inicialização dupla do Windows?
Como adicionar uma nova entrada do sistema operacional via BCDEDIT?