Eu tenho um disco rígido secundário no qual guardo todos os meus jogos e dados não importantes. Estou constantemente salvando e excluindo itens desta unidade. Ultimamente, notei a degradação do desempenho na unidade, semelhante a quando uma unidade está fisicamente cheia. Eu dei uma olhada na unidade, já que não estava nem 50% cheia e encontrei algo assim. 
Na verdade, foi muito pior antes, mas eu desfragmentei minha unidade e isso resolveu o problema. Agora que a questão está chegando novamente, verifiquei novamente e vi a mesma coisa. Eu sempre achei que a desfragmentação em tempo real de produtos como o Diskeeper fosse um truque, mas é algo que eu preciso agora? Ou há outro problema?
Eu tenho outra unidade que não se comporta assim.
Se um setor for marcado como ruim, por algo como o SCNDSK, ele não gravará novamente nesse setor. Ele tentará ler os dados de um setor defeituoso e transferi-lo para um setor mais confiável. O setor ruim é então colocado em uma tabela de setores defeituosos que desabilita a escrita para esse setor novamente.
Pelo que parece, seu disco está falhando muito mal.