Isso depende do tamanho do seu .iso se ele estiver abaixo de 4 GB, então você pode continuar com o FAT32, mas se ele for maior que 4 GB, você deve formatá-lo usando o NTFS.
Isso ocorre porque o FAT32 suporta apenas arquivos individuais de até 4 GB de tamanho e volumes de até 2 TB, enquanto o NTFS tem limites teóricos muito mais altos.