A configuração no SAPGUI apenas informa se o suporte para script foi instalado ou não. O fato de que ele diz que está instalado e habilitado não fornece nenhuma informação sobre o parâmetro do sistema sapgui / user_scripting.
O parâmetro pode ser verificado com as transações RZ10 e RZ11 ou via relatório "RSPARAM".
Acabei de verificar isso em um sistema com sapgui / user_scripting definido como "FALSE". Nas configurações do SAPGUI, ainda posso ativar o script e ele mostra que o suporte de script está instalado.