Você pode fazer isso desativando os trabalhos iniciantes para bluetooth e bluetooth-touch :
echo manual | sudo tee /etc/init/bluetooth.override
echo manual | sudo tee /etc/init/bluetooth-touch.override
O trabalho bluetooth controla o BlueZ, que é o daemon usado para estabelecer conexões Bluetooth, e o trabalho bluetooth-touch controla os programas que habilitam o dispositivo Bluetooth na inicialização o telefone, com base no modelo do dispositivo.