Você precisa usar o lote? Se você está disposto a usar o Powershell, que faz parte do sistema operacional Windows há muitos anos, isso não é difícil. Para ver apenas os itens exclusivos:
get-content .\input.txt | select -unique | out-file unique.txt
Você também está tentando dizer que quer saber quais palavras são duplicadas?
Se assim for, isso lhe dará algumas informações sobre isso.
get-content .\input.txt | group-object | where { $_.count -ne 1 } | format-table -auto -prop name,count
Name Count
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Root_Controller 2
Instance_controller 4
Path_finder 2
size_manager 3
EDIT por comentário
Mesclar os arquivos de texto que você deseja digitalizar em um único arquivo e, em seguida, execute o comando que eu postei anteriormente.
get-content file1.txt > input.txt
get-content file2.txt >> input.txt
get-content file3.txt >> input.txt