Aparentemente, esse comportamento vem de uma modificação no Compiz (meu ambiente desktoip é Unity), o que agora impede que os aplicativos na tela secundária fiquem em tela cheia.
Para ativar o suporte "true" para tela cheia em um monitor secundário, pode-se usar o gerenciador de configuração do compiz:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
e ative a opção em Utilitário - > Solução alternativa - > Suporte Legado para Tela Cheia