Para encontrar as linhas de fileA que correspondem a qualquer um dos padrões no fileB, em que X é interpretado como um caractere curinga:
$ grep -f <(tr X . <fileB) fileA
010101
011111
000000
111111
<(tr X . <fileB)
cria um objeto semelhante a um arquivo que tem todo o X
substituído por .
. Em expressões regulares, .
é um curinga.
grep -f <(tr X . <fileB) fileA
lê padrões de nosso objeto semelhante a arquivo e só imprime linhas do arquivo A que correspondem a um desses padrões.