Adicione o filtro de sobreposição :
ffmpeg -loop 1 -framerate 24 -i image.jpg -framerate 24 -i %03d.png -filter_complex \
"[0:v]zoompan=z='min(zoom+0.0005,1.12)':x='iw/2-(iw/zoom/2)':y='ih/2-(ih/zoom/2)':d=240:s=hd1080:fps=24[bg]; \
[bg][1:v]overlay=10:10:shortest=1,format=yuv420p" \
-c:v libx264 -crf 20 output.mp4
Considere o preenchimento nulo de seus nomes de arquivo de 1.png
a 001.png
para que eles sejam enviados para o arquivo de imagem demuxer na ordem correta.