Okey, então eu pude resolver isso com sua ajuda, alterando o conteúdo do GameRender_source.txt para estar apenas em uma linha.
for /f "usebackq delims=@" %%a in ("%cd%\assets\GameRender\pets\cthulhu\GameRender_source.txt") do set Render=%%a
call set "Render=%%Render:stat.score=!stat.score!%%"
call set "Render=%%Render:stat.level=!stat.level!%%"
echo:!Render!>>"%cd%\assets\GameRender\pets\cthulhu\GameRender.txt"