Não é um espaço, é o novo caractere de linha. Este (ou estes, denpends no seu SO) dizem ao NPP e a qualquer outro programa "Ei, aqui você precisa começar uma nova linha!"
O Notepad ++ representa esse caractere por um espaço quando ele é selecionado, o que ajuda a ver que você tem uma nova linha selecionada em vez de nenhuma seleção.
Abra o seu arquivo no bloco de notas do Windows e você não verá nenhum espaço no final das linhas.
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