Use
ffmpeg -y -i with_out_sound.mp4 -filter_complex \
"[0:v]crop=206:169:32:121,boxblur=10:enable='between(t,2,10)'[fg]; \
[0:v]crop=206:169:62:100,boxblur=10:enable='between(t,12,20)'[fg1]; \
[0:v[fg]overlay=32:121:enable='between(t,2,10)'[tmp]; \
[tmp][fg1]overlay=62:100:enable='between(t,12,20)'[tmp2]"
-map [tmp2] with_blur.mp4
O resultado da primeira sobreposição deve ser o segundo plano da segunda sobreposição.
O erro estava ocorrendo porque fg1
não estava sendo usado em nenhum lugar. Todas as saídas do filtro devem ser 1) mapeadas para codificação, 2) usadas por outro filtro ou 3) enviadas para um coletor.