Na prática, eles são casos separados porque cada guia é executada em um processo separado. Quanto a "novas janelas" de uma perspectiva de organização e sem usar o modo de navegação anônima, você pode começar com o botão direito do mouse no ícone da barra de tarefas do Chrome e escolhendo "nova janela" ou seu menu se já tiver aberto. Isso não resolve seu problema de cache. Os navegadores são projetados dessa maneira.
Para o que você quer, você pode:
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execute em sandbox
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execute versões portáteis em pastas separadas, o que deve manter todas as coisas separadas