Essas mudanças são reais? Parece-me que o git está apenas reclamando que os atributos dos arquivos são diferentes, o que certamente acontecerá entre diferentes sistemas operacionais (porque o Windows e o Linux possuem diferentes sistemas de arquivos com diferentes metadados).
Que tal criar um clone "nu"?
NO WINDOWS
Ir para alguma pasta, por exemplo:
cd c:\mycode
Clone seu repositório localmente nessa pasta usando a opção bare , isso significa que NADA será feito check-out, apenas metadados:
git clone --bare <path_of_your_repo>
Agora, feche a pasta resultante (por exemplo, "c: \ mycode \ < pasta > .git" ) e transfira-a manualmente para o Linux.
NO LINUX
No Linux, copie primeiro a pasta zipada do Windows e descompacte-a. Agora, clone para uma nova pasta, por exemplo:
mkdir ~/mynewcode
cd ~/mynewcode
git clone /<where_you_copied_and_unzipped>/<folder>.git <--- i.e. this is the folder copied/unzipped from Windows
E agora você pode alterar a origem se quiser descartar a pasta do Windows descompactada.
git remote set-url origin <new_origin>
OU, remova-o completamente:
git remote rm origin