Existem muitas maneiras de fazer isso, mas e
tr -d "\r" < input.file > output.file
"tr" traduz caracteres - nesse caso, usamos a opção -d para excluir em vez de substituir caracteres e, em seguida, especificar para excluir o caractere "cr". Como o tr opera usando stdin e stdout, usamos redirecionamentos para criar um arquivo com os novos dados com eficiência.